自己破産時に過払いが判明した場合

自己破産の申立をしようと思い、取引履歴を取寄せたところ、1社が9万円ほどの過払いになっていました。
この場合、「債権者一覧表」に、この事実を記載すべきでしょうか？
過払いで債権者ではないので、記載する必要はないのでしょうか？

９万円はあなたの財産として裁判所に報告する必要があります。

過払金が発生している場合は、その会社は債権者ではないので「債権者一覧表」に記載する必要はありません。ただし、過払いの状態とはその会社に対して「９万円の債権を持っている」状態ですので、この９万円はあなたの財産として裁判所に報告する必要があります。